คือ ยาที่ได้ใช้กันมาในอดีตเป็นส่วนใหญ่ แต่ในปัจจุบันก็ยังคงมีที่ใช้อยู่บ้าง ต้นตอของยาแผนโบราณได้จาก พืช (พืชวัตถุ) สัตว์ (สัตววัตถุ) และแร่ธาตุ (ธาตุวัตถุ) ซึ่งมีอยู่ตามธรรมชาติ ได้มีการใช้แบบบอกเล่าต่อๆ กันมา ไม่มีการค้นคว้าวิจัยเหมือนอย่างยาแผนปัจจุบัน
          พืชที่ใช้เป็นยาอาจเป็นพืชยืนต้น  พืชล้มลุก หรือพืชผักสวนครัว รวมทั้งผลไม้โดยใช้พืชทั้งต้นหรือส่วนต่างๆ ของพืช เช่น เปลือก แก่น ดอก เกสร ใบ ผัก ผล ฯลฯ

          จากตำราวิชาเภสัชกรรมไทยแผนโบราณ  ในหัวข้อเภสัชวัตถุกล่าวไว้ว่า
          เภสัชวัตถุประเภทพืช  (พืชวัตถุ)  ได้จาก ต้น แก่น ใบ หัว เหง้า ราก  กระพี้ เนื้อไม้ ยางไม้ เปลือกต้น เปลือกลูก เปลือกเมล็ด ดอกเกสร กิ่ง ก้าน ฯลฯ พืชวัตถุแบ่งเป็น
          จำพวกต้น  เช่น  กระเจี๊ยบ  กระถินไทย  กระดังงาไทย กระท่อม กานพลู  ฯลฯ
          จำพวกเถา-เครือ  เช่น  กระทกรก หนอนตายหยาก ชะเอมไทย ตำลึง ฯลฯ
          จำพวกหัว-เหง้า เช่น กระชาย กระเทียม กระวาน กลอย ขิงบ้าน ฯลฯ
          จำพวกผัก เช่น ผักกะเฉด ผักบุ้งจีน ผักหวานบ้าน ผักกาด ผักเบี้ย ฯลฯ
          จำพวกหญ้า เช่น หญ้ากระต่ายจาม หญ้าคา หญ้างวงช้าง หญ้าแห้วหมู ฯลฯ
          จำพวกเห็ด แบ่งเป็น  เห็ดที่เป็นอาหารและประกอบเป็นยาได้ และเห็ดเบื่อเมา
          เห็ดที่เป็นอาหารและเป็นยา เช่น เห็ดหูหนู เห็ดฟาง เห็ดโคน ฯลฯ
          เห็ดที่เบื่อเมา เช่น เห็ดงูเห่า เห็ดตาล เห็ดมะขาม ฯลฯ
          ยาที่ได้จากสัตว์  อาจใช้สัตว์ทั้งตัว  ส่วนหรืออวัยวะของร่างกายสัตว์ รวมทั้งมูล เลือด น้ำดีของสัตว์บก สัตว์น้ำ และสัตว์พวกนก เช่น ตับ ดี เลือด  เขา นอ กระดูก ฯลฯ

         จากคัมภีร์วิชาเภสัชกรรมไทยแผนโบราณกล่าวไว้ว่า
          เภสัชวัตถุประเภทสัตว์  (สัตววัตถุ) ได้จากสัตว์ทุกชนิด และอวัยวะของสัตว์ทั้งหลาย เช่น ขน หนัง เขา นอ เขี้ยว งา ฟัน กราม ดี หัว เล็บ กีบ กระดูก เนื้อ เอ็น เลือด น้ำมัน มูล ฯลฯ สัตววัตถุแบ่งออกเป็น
          จำพวกสัตว์บก  เช่น กวาง (เขาแก่ เขาอ่อน) งูเห่า (หัว กระดูก ดี)  แรด  (เลือด  หนัง  นอ กีบเท้า) คางคก (ทั้งตัว) แมลงสาบ (มูล) แมงมุม (ตายซาก) ฯลฯ
          จำพวกสัตว์น้ำ เช่น ปลาช่อน (ดี หาง เกล็ด) ปลาไหล (หาง หัว) ปลาหมึก (กระดอง หรือลิ้นทะเล) ปูม้า (ก้าม กระดอง) ฯลฯ
          จำพวกสัตว์อากาศ  เช่น อีกา หรือ นกกา (หัวกระดูก ขน) นกยูง (กระดูก  แววหาง  ขนหาง)  ผึ้ง(น้ำผึ้ง) นกนางแอ่น (รัง) นกกระจอก (ใช้ทั้งตัวถอนขนออก) ฯลฯ
          จำพวกสัตว์ครึ่งบกครึ่งน้ำ  เช่น  หอยโข่ง(เปลือก) เต่านา (หัว กระดองอก) จระเข้ (ดี) ปูทะเล(ก้าม) ปูนา (ทั้งตัว) กบ (น้ำมัน กระดูก) ฯลฯ
          สำหรับแร่ธาตุที่ใช้เป็นยา ได้แก่ ดินสอพอง ดีเกลือ จุนสี ฯลฯ

          จากตำราแพทย์แผนโบราณตอนที่ว่าด้วยเรื่องเภสัชวัตถุ กล่าวว่า
          เภสัชวัตถุประเภทธาตุ  (ธาตุวัตถุ) ได้แก่ แร่ธาตุต่างๆ ซึ่งเกิดขึ้นเองตามธรรมชาติหรือสิ่งที่ประกอบขึ้นจากแร่-ธาตุ ธาตุวัตถุแบ่งได้เป็น
          จำพวกสลายตัวง่าย  (หรือสลายตัวอยู่แล้ว)  เช่น กำมะถันเหลือง สารส้ม กำมะถันแดง ดีเกลือ จุนสี พิมเสน ฝรั่ง น้ำซาวข้าว ปรอท การบูร ฯลฯ
          จำพวกสลายตัวยาก เช่น เหล็ก (สนิม) ทองแดง ทองเหลือง ทองคำ เงิน ฯลฯ
          จำพวกที่แตกตัว  เช่น ดินสอพอง น้ำตาลทรายขาว น้ำตาลกรวด ดินเหนียว ฯลฯ

          ยาแผนโบราณ ยังอาจแบ่งเป็น
          ยาตำรับลับ คือ ยาที่มิได้แจ้งส่วนประกอบหรือ มิได้แจ้งปริมาณของส่วนประกอบเป็นการเปิดเผย  มักเป็นยาประจำครอบครัวของแพทย์แผนโบราณ
          ยาผีบอก  คือ ยาที่ได้จากการฝัน หรือ เข้าทรงโดยผู้มาเข้าฝันหรือผู้เข้าทรงบอกตำรับยา เพื่อให้ผู้ใช้หายจากโรคเป็นการเอาบุญ เมื่อหายแล้วผู้ใช้ยาต้องทำบุญอุทิศส่วนกุศลให้แก่เจ้าของตำรับด้วย
          ยาสำเร็จรูป คือ ยาที่กระทรวงสาธารณสุขยอมรับหรือประกาศให้ใช้เป็นยาสามัญประจำบ้านได้
          ยากลางบ้าน  คือ ยาที่ได้จากสิ่งที่มีอยู่ในบ้าน ในครัวหรือในสวนครัว เช่น ใบพลู หมาก ปูน (ที่กินกับหมาก) ขิง ข่า ตะไคร้ ใบโหระพา มะกรูด มะนาว สับปะรด ฯลฯ

          ในตำราวิชาเภสัชกรรมไทยแผนโบราณ ยังแบ่งประเภทของยาตามรสได้ดังต่อไปนี้
          ยารสฝาด เช่น เปลือกมังคุด เปลือกต้นข่อย ใบฝรั่ง ใบชา ฯลฯ
          ยารสหวาน เช่น น้ำตาลกรวด น้ำอ้อย น้ำผึ้ง ชะเอมเทศ ข้าวงอก ฯลฯ
          ยารสเบื่อเมา เช่น กัญชา ลำโพง (เมล็ด ราก ดอก) มะเกลือ (ลูก ราก) ฯลฯ
          ยารสขม  เช่น  เถาบอระเพ็ด  รากระย่อม  ลูกมะแว้ง หญ้าใต้ใบ แก่นขี้เหล็ก ฯลฯ
          ยารสเผ็ดร้อน เช่น เมล็ดพริกไทย ดอกกานพลู กะเพรา (ใบ ราก) ฯลฯ
          ยารสมัน  เช่น เมล็ดถั่วลิสง หัวแห้ว ไข่แดง เมล็ดบัวหลวง น้ำมัน เนย ฯลฯ
          ยารสหอมเย็น เช่น ดอกมะลิ ดอกพิกุล เกสรบัวหลวง ใบเตยหอม ฯลฯ
          ยารสเค็ม  เช่น   เกลือสมุทรหรือเกลือทะเล ดีเกลือไทย ดินโป่ง ใบหอม ฯลฯ
          ยารสเปรี้ยว เช่น น้ำในลูกมะนาว ลูกมะดัน ส้มมะขามเปียก สารส้ม มดแดง ฯลฯ
          ยารสจืด เช่น ใบผักบุ้ง ใบตำลึง เถารางจืด ดินสอพอง น้ำฝน  ฯลฯ

          ยาแผนโบราณที่กระทรวงสาธารณสุขประกาศให้ใช้เป็นยาสามัญประจำบ้าน ได้แก่
          ยานัตถุ์ ซึ่งไม่มียาเสพติดให้โทษ ยาอันตรายหรือ ยาควบคุมพิเศษผสมอยู่
          ยาหอม ซึ่งไม่มียาเสพติดให้โทษ ยาอันตรายหรือ ยาควบคุมพิเศษผสมอยู่

          ยาไทยโบราณ ซึ่งใช้ชื่อ ปริมาณของวัตถุส่วนประกอบ วิธีการผสม และคำอธิบายสรรพคุณตรงตามตำรายา  ซึ่งรัฐมนตรีประกาศไว้ในราชกิจจานุเบกษารวม ๑๖ ขนานคือ
          ยามหานิลแท่งทอง ยาเทพมงคล ยาเขียวหอม ยาประสะกะเพรา ยาเหลืองปิดสมุทร์ ยาอัมฤควาที ยาประสะมะแว้ง ยาตรีหอม ยาจันทน์ลีลา ยาประสะจันทร์แดง ยาหอมอินทจักร์ ยาหอมนวโกฏ ยาวิสัมพยาใหญ่ ยาประสะไพล ยาธาตุบรรจบ ยาประสะกานพลู